El contracte que els estats espanyol i francès van signar amb TP Ferro el 17 de febrer de 2004 establia una clàusula de 60 milions d'euros que s'havia de pagar a l'empresa si en el moment que estigués fet el tram internacional del TAV no hi arribaven trens pel sud. Aquesta xifra és una indemnització pel fet que TP Ferro no pot fer negoci fins que no hi passin trens. A aquests diners, però, si haurien de sumar els diners que la concessionària deixa d'ingressar pels peatges.

Ni des del Ministeri de Foment, ni des de TP Ferro s'ha volgut aclarir si s'ha arribat a un acord per la indemnització. Fa mesos, la ministra de Foment, en motiu del final de la perforació del túnel del Pertús, va dir que es miraria de negociar allargant la concessió a TP Ferro del tram internacional de la línia que, en un principi, és per un període de 50 anys. Els trens d'alta velocitat no hi començaran a passar fins a finals del 2010 o principi del 2011, que és quan ha d'estar fet el tram sud de la variant de Figueres –les obres ja han començat– i el tercer rail en el traçat ferroviari actual entre Figueres i Girona –que encara s'ha de començar a instal·lar– perquè pugui ser utilitzat pel TAV amb unes prestacions, però, menors a les que tindrà quan circuli per la seva línia. D'aquesta manera es «redueix en un any i mig» l'entrada en servei del TAV entre Barcelona i Figueres prevista pel 2012 que és quan, en principi, ha d'estar feta tota la línia entre aquestes dues ciutats.