Les comarques gironines tenen un llarg historial de problemes de contaminació de les aigües per l'excés de nitrats. Un dels més sonats va ser el de la Bisbal d'Empordà, on l'alta presència de nitrats a les fonts d'abastament, sobretot per les aigües negres del clavegueram, va fer que la gent no pogués fer servir l'aigua de l'aixeta. Això va provocar la creació d'una plataforma de veïns i l'organització de manifestacions i altres actes públics per reclamar una solució al problema. A més de la Bisbal, també va afectar altres municipis de la zona com Cruïlles-Monells-Sant Sadurní de l'Heura, Fontanilles, Forallac, Corçà i Madremanya. El conflicte es va solucionar a finals de l'any passat amb la inauguració d'una planta potabilitzadora.

També Flaçà havia estat un dels municipis més afectats, i després de tres anys sense tenir aigua potable, la perforació d'un nou pou el 2006 va permetre tornar a disposar d'aigua de l'abastament municipal.

Vilademuls, la Pera, Ventalló, Viladamat i l'Armentera, entre molts altres, també han tingut problemes per nitrats i han hagut de tancar determinats pous.