El desembre del 2005 l'Estat i la Generalitat van signar un protocol per definir i executar el pla integral de protecció del delta de l'Ebre (Pipde). Per desenvolupar-lo es va designar un equip tècnic i un equip tècnic assessor amb una notable presència de tècnics del territori amb un gran coneixement del tram final del riu Ebre i alguns dels quals s'havien involucrat d'una manera molt activa en la lluita contra el transvasament de l'Ebre promogut pel PP i avalat per CiU. A més, per complir el precepte de participació ciutadana que imposa la nova directiva marc d'aigües de la Unió Europea, es va crear la Comissió per a la Sostenibilitat de les Terres de l'Ebre, un òrgan consultiu de participació integrat pels sectors socioeconòmics del territori (agents socials, sindicats, arrossaires, aqüicultors, empresaris i pagesos entre d'altres). El principal objectiu d'aquesta comissió era fer un seguiment del Pipde i fer propostes concretes. En aquell moment ja hi havia tres projectes aprovats damunt la taula per valor de 300 milions d'euros, segons va explicar l'aleshores ministra de Medi Ambient, Cristina Narbona: la descontaminació de l'embassament de Flix i la instal·lació d'una xarxa d'indicadors ambientals al tram final del riu Ebre. Han passat gairebé tres anys i cap d'aquests dos projectes s'ha començat a executar. En el cas de la descontaminació de l'embassament de Flix, les obres està previst que s'inicien aquest mes de maig, però la xarxa d'indicadors ambientals ni tan sols s'ha posat a licitació –les previsions és que es puga licitar aquest estiu–. Però el cert és que la important tasca que durant aquests tres anys ha desenvolupat l'equip tècnic del Pipde ha quedat diluïda en una llarga tramitació administrativa i burocràtica. De manera que tot i que alguns dels projectes eren hereus de l'anterior Consorci del Pide, impulsat pels governs del PP i CiU, i que per tant es remunten a principis del 2001, encara ara continuen encallats.

I és justament ara, quan alguns dels fruits sembrats pel Pipde durant els últims anys es podrien començar a recollir (al marge de la descontaminació de Flix, també s'ha adjudicat per sis milions d'euros la restauració hidrològica del riu entre Amposta i la desembocadura o l'escala de peixos a l'assut de Xerta), que esclata la polèmica del projecte de la interconnexió. Un projecte pressupostat en 180 milions d'euros i que amb l'argument de l'emergència s'ha imposat dins d'una gran confusió mediàtica i sense cap tipus de debat públic. Es tracta d'un projecte que afecta el tram final del riu Ebre, perquè la detracció d'aigua, al marge que es puguen recuperar cabals aigües amunt, es farà de l'estació de Campredó on naix el minitransvasament a Tarragona, per tant s'hauria d'haver informat la Comissió de Sostenibilitat de les Terres de l'Ebre almenys abans que el Consell de Ministres aprovés el decret –es va fer el dia que sortia publicat al BOE i que per tant entrava en vigor–. Fonts d'aquesta Comissió han expressat el seu malestar perquè no se'ls ha tingut en compte per a res i també han denunciat que tampoc s'ha consultat els membres de l'equip tècnic del Pipde per impulsar el projecte.