Roberto Flórez ja va ser el centre d'una polèmica parlamentària el 2000, quan governava el PP amb José María Aznar de president. El diputat socialista i portaveu del PSOE en la comissió d'Afers Estrangers d'aleshores i actual ambaixador de l'Estat espanyol a Buenos Aires, Rafael Estrella, va demanar al ministre de Defensa, Federico Trillo, si Flórez havia espiat el candidat a la presidència del Perú d'aleshores, Alejandro Toledo, en connivència amb els serveis secrets peruans. Trillo es va negar a donar cap informació emparant-se en el fet que la pregunta del socialista feia referència a «informació secreta». Tampoc no va voler contestar sobre la suposada condició de l'agent doble com a espia al CESID, amb el mateix argument.

També es va demanar sobre les tasques que desenvolupava Flórez en l'ambaixada espanyola al Perú i si el ministre d'Afers Estrangers, aleshores Josep Piqué, estava informat de les intromissions de l'espia en la campanya electoral de Toledo. El govern del PP tampoc no va voler contestar aquesta qüestió i va donar la polèmica per tancada.