Jordi Pujol, aleshores president de la Generalitat, va manifestar la seva «vergonya» pels 39.000 vots que Herri Batasuna (HB) havia tret a Catalunya en les eleccions europees que s'havien celebrat l'any anterior. «Tots els catalans, els que els van votar i els que no, hem estat recompensats de forma macabra.»

La llista d'HB, encapçalada per Txema Montero, havia obtingut exactament 39.692 vots. Un 1,31% dels emesos. Dos anys després de l'atemptat, HB, amb el mateix cap de llista, insistiria a recaptar sufragis dels catalans. Els vots se li van reduir a la meitat. 15.427, de tota manera. Txema Montero seria expulsat d'HB el 1992 per haver reclamat la dissolució d'ETA en un article.

L'endemà d'Hipercor, HB va emetre un comunicat per manifestar l'«enèrgica crítica a aquest tipus d'atemptat» amb el següent argument: «S'ha produït una actitud intencionadament irresponsable de l'empresa comercial i la policia perquè sabent una hora abans l'existència d'un cotxe bomba van provocar amb el seu silenci una tragèdia evitable amb l'objectiu d'utilitzar-la propagandísticament.» La nota, semblant a les que van propagar la Crida i el MDT (Moviment de Defensa de la Terra) recordava «els llaços de solidaritat amb el poble català, al qual HB envia una salutació fraternal en aquests difícils i tristos moments.»

Un dia més tard ETA va esmenar HB i els que acusaven la policia i Hipercor: «L'explosió va ser un greu error, i ETA assumeix sense descàrrecs la gran responsabilitat que li correspon en el luctuós succés a Barcelona.» Afegia que continuaria fent atemptats però que posaria «tots els mitjans per garantir la selectivitat de les nostres accions perquè fets com aquests no es tornin a produir.» Vint anys més tard, després d'una darrera treva «permanent», ETA ha anunciat que manté «tots els fronts oberts» i la policia la considera preparada per causar «molt dolor.»