Les al·legacions que l'Ajuntament de Figueres preveu presentar al Ministeri de Foment aposten perquè l'estació –que es vol que sigui intermodal– tingui una superfície total de 6.600 m², dels quals la meitat serien destinats a l'edifici de viatgers, que donaria servei tant al tren d'alta velocitat (TAV) i al tren convencional, com també a l'estació d'autobusos. A més, els 3.100 m² restants es destinarien a serveis complementaris, com ara el servei de taxis i un aparcament a l'aire lliure. Aquests més de sis mil metres que preveu Figueres es contraposen amb els gairebé 500 que havia previst Foment. L'estació d'autobusos es projecta amb 21 andanes i també oficines per a les companyies de viatges.

Entre les propostes de les al·legacions també hi ha que s'ampliï l'aparcament previst per a un centenar de vehicles fins a una capacitat d'un miler de cotxes. La distribució es faria en dues plantes.

Aquestes modificacions es fan en previsió que el 2010 passin per la futura estació uns 7.500 passatgers diaris. A part, la nova situació de l'estació –que es proposa més cap al sud– permetrà millorar els accessos amb un de més directe a l'A-2 i a l'A-26 per millorar la connexió amb Olot i amb la costa.