Les primeres paraules com a imminent ministre d'Indústria, recollides per l'agència ACN a la sortida de l'ajuntament, van ser reconèixer com una «gran satisfacció» i un «honor» ser membre del govern de Rodríguez Zapatero.

Clos, però, ha polemitzat durant aquests dos anys amb el govern de Rodríguez Zapatero en la defensa d'alguns interessos de la ciutat. El més folklòric va ser la polèmica amb l'exministre de Defensa, José Bono, que va bloquejar el traspàs de la gestió del castell de Montjuïc a la ciutat de Barcelona perquè volia que es garantís per escrit la presència de la bandera espanyola.

El cas encara no s'ha resolt i les dues administracions encara no han signat un acord de traspàs.

PARTIDARI DEL TRASPÀS DEL PRAT
Però on Joan Clos ha estat especialment bel·ligerant amb el govern espanyol ha estat en la gestió de l'aeroport del Prat. Molt abans que això es convertís en el tema central del debat estatutari, Joan Clos ja reclamava repetidament la necessitat d'una llei especial perquè l'aeroport es gestionés «des del territori», amb presència de la Generalitat i de l'Ajuntament de Barcelona i altres ens locals i del sector privat. Clos, partidari de desenvolupar un gran pol industrial aeroportuari al costat del Prat, va ser molt dur amb els directius d'Aena, que «no van fer absolutament res» amb l'anunci d'Iberia de retirar vols del Prat.